極軸望遠鏡を使用してもただ取り付けただけでは、極軸が合わないため調整してナノトラッカーの軸と極軸望遠鏡の軸を合わせてやる必要がある。
極軸合わせは、下記の方法で行います。
１．私の場合極軸合わせは、夜行います。
２．天体撮影をするときと同じように、三脚に極軸望遠鏡を付けたナノトラッカーとカメラをセットする。
３．できればカメラにタイマー付きのレリーズを付けたほうが撮影が楽になります。
４．庭やベランダから、星以外で数Km離れた場所にある光の点を見つける。
あまり近い場所の光だと、極軸が正確に合わなくなります。
５．遠くの光の点を見つけたら極軸とカメラを光の方向に向けます。
６．極軸望遠鏡をのぞき、光の点が十字の真ん中に来るように、三脚を調整します。
（ナノトラッカーを微動雲台に乗せてから三脚にセットすると調整がすごく楽になります)
７．カメラも、ナノトラッカーとカメラの間に取り付けた雲台で光が写るように調整し、ピントを合わせます。
８．カメラをバルブ撮影(絞りを開放、シャッタースピード∞)に設定。
９．ナノトラッカーを高速回転にし、カメラで5分間ほど撮影。（5分間シャッターを開きっぱなしにする）
１０．5分後に撮影された写真を確認し、光が点像に写っていれば極軸は合っていますが、普通は光が円弧を描いたように流れて写っているはずです。
１１．極軸望遠鏡についている3つのネジで極軸望遠鏡の向きを写真の円弧の中心の方向に動かします。
(極軸望遠鏡をのぞいているときは、像が反転しますので注意してください）
１２．極軸望遠鏡を調整したら、６の作業からもう一度繰り返します。
１３．光を完全に点像にするのはかなり大変ですので、望遠レンズを使っての撮影や、ボーグ望遠鏡などで長時間撮影をする場合でなければ、完全に点像になっていなくても良いと思います。
１４．ある程度点像で写るようになれば、極軸望遠鏡の軸とナノトラッカーの軸が合ったことになります。
１５．極軸望遠鏡とナノトラッカーのネジはしっかりととめておかないと移動したときに局軸がずれてしまします。また、極軸望遠鏡を調整するための3本のネジもしっかり固定して不意に極軸望遠鏡の向きがずれてしまわないように注意しましょう。
